Taman Nasional Wakatobi terbagi menjadi 3 Wilayah Seksi Pengelolaan dan 7 Wilayah Resort Pengelolaan, yaitu:

Seksi Pengelolaan TN. Wilayah I Wangi-wangi memiliki luasan 191.822 Ha meliputi Pulau Wangi-Wangi dan sekitarnya, Pulau Kapota, serta Karang Kapota. Dalam pengelolaanya Seksi Pengelolaan TN. Wilayah I Terbagi menjadi 2 Resort Pengelolaan yaitu: Resort Wangi-Wangi seluas 122.143 Ha, dan Resort Matahora seluas 69.679 Ha.

Seksi Pengelolaan TN. Wilayah II Kaledupa memiliki luasan 369.570 Ha meliputi Pulau kaledupa dan sekitarnya, karang Otiolo serta Karang Kaledupa. Dalam pengelolaannya Seksi Pengelolaan TN. Wilayah II Terbagi menjadi 2 Resort Pengelolaan yaitu: Resort Kaledupa seluas 162.043 Ha, dan Resort Kaledupa Selatan seluas 207.527 Ha.

Seksi Pengelolaan TN. Wilayah III Tomia Binongko memiliki luasan 826.593 Ha meliputi Pulau Tomia dan sekitarnya, Pulau Binongko, Pulau Runduma, Pulau Moromaho, Pulau Ndaa, Pulau Sawa, Pulau Kentiole, Pulau Anano, Karang Tomia, karang Koko, dan Karang Koromaha. Dalam pengelolaannya Seksi Pengelolaan TN. Wilayah III Terbagi menjadi 3 Resort Pengelolaan yaitu: Resort Tomia seluas 255.036 Ha, Resort Tomia Timur seluas 310.697 Ha, serta Resort Binongko seluas 260.860 Ha